Cómo los métodos automatizados calificados por proveedores aceleran los flujos de trabajo de NGS

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Del banco a la secuenciación en días Con el costo de secuenciar genomas disminuyendo drásticamente, los investigadores están aplicando la secuenciación de próxima generación (NGS) a nuevos descubrimientos e investigaciones clínicas a un ritmo de rápida expansión. Estas aplicaciones están impulsando nuevos flujos de trabajo de preparación de muestras que preparan las bibliotecas de ADN/ARN antes de la secuenciación. Este creciente apetito por nuevos kits más un procesamiento de mayor rendimiento significa que el inicio de la secuenciación puede llevar meses. El desarrollo de protocolos de biblioteca automatizados y calificados por proveedores para la preparación de muestras de NGS ofrece una solución a este problema creciente. Revitty fue pionera en este enfoque y ha desarrollado más de 130 de estas soluciones con otras adicionales en desarrollo continuo.

Los tres niveles de disponibilidad para la preparación automatizada de bibliotecas

Cuando un laboratorio está considerando la automatización de un kit de preparación de bibliotecas NGS , es importante comprender los tres niveles de preparación de la solución antes de tomar una decisión. Protocolo desarrollado, software codificado : algunos laboratorios comprarán hardware de automatización donde la codificación de bajo nivel que controla los pasos y métodos del flujo de trabajo ya está escrita para los kits de ADN/ARN, pero el kit NGS y las químicas aún no se han creado ni probado. En este enfoque de «hágalo usted mismo», el proveedor instalará el hardware de automatización, pero el usuario del laboratorio debe probar y refinar el protocolo de software, probar la química, actualizar el protocolo, calificar la aplicación, secuenciar las muestras y verificar el resultados. Este proceso de prueba y calificación puede requerir meses de trabajo de prueba y error. Pruebas de agua y química con resultados de control de calidad (QC): en este nivel de preparación, el proveedor de automatización desarrolló el protocolo de software y realizó pruebas de agua y química y análisis de QC. Incluso con estas pruebas y controles de calidad más exhaustivos, no se ha realizado ninguna secuenciación en las bibliotecas. El cliente debe preparar y secuenciar las bibliotecas de ADN/ARN en su sitio para confirmar que cumple con sus necesidades de calidad y cumplimiento. Este proceso podría requerir semanas o meses de ajustes y desarrollo adicional para obtener los resultados de secuenciación correctos. Bibliotecas de NGS totalmente calificadas por proveedores: algunos proveedores de automatización enviarán sus bibliotecas de ADN/ARN finales al proveedor del kit de NGS, quien secuencia las bibliotecas y realiza análisis para garantizar que la calidad de la biblioteca y todas las métricas cumplan con los estándares y el cumplimiento más altos. Una vez que se producen datos aceptables, el proveedor de secuenciación aprobará la aplicación como una biblioteca automatizada calificada por el proveedor. Este nivel de preparación asegura al cliente el tiempo más rápido desde la instalación hasta la secuenciación de muestras reales.

Los beneficios de los ensayos de preparación de bibliotecas NGS calificados por proveedores

La belleza del flujo de trabajo de biblioteca automatizado calificado por el proveedor es su rápido tiempo desde la configuración hasta la secuenciación y la garantía de la calidad de los datos. Después de la instalación del equipo, el cliente puede secuenciar bibliotecas en tan solo 5 días (consulte la figura 1). Figura 1: La configuración de una biblioteca de ADN/ARN calificada por el proveedor es la ruta más rápida desde la instalación hasta la secuenciación y, por lo general, requiere alrededor de 5 días. (Fuente: Servicios de aplicaciones de campo de PerkinElmer). Para el gerente de laboratorio, los beneficios incluyen un tiempo más rápido para obtener ingresos por operaciones y utilización de activos, mayor flexibilidad para reaccionar ante las condiciones y oportunidades del mercado, y una automatización preparada para el futuro. Para el usuario, las ventajas son una puesta en marcha de la automatización más rápida sin necesidad de conocimientos de programación, un tiempo más rápido para implementar bibliotecas adicionales y un uso más eficiente de las muestras. Los protocolos de biblioteca automatizados calificados por el proveedor de Revitty cubren la mayoría de los kits de NGS y ahorran tiempo y esfuerzo durante la instalación y puesta en marcha del nuevo sistema, así como al implementar nuevos métodos automatizados en los sistemas de automatización existentes. En el futuro, si se requieren diferentes métodos automatizados de NGS, es importante contratar a un proveedor que tenga esos nuevos métodos automatizados disponibles en un estado calificado por el proveedor. Con soluciones de preparación de bibliotecas ya probadas con resultados de secuenciación, los laboratorios pueden lograr un progreso considerable en la reducción del tiempo para poner en marcha nuevos kits de secuenciación y generación de datos. Para obtener una revisión detallada de los métodos automatizados calificados por proveedores, descargue nuestro resumen científico aquí . Solo para uso de investigación. No debe utilizarse en los procedimientos de diagnóstico. Tenga en cuenta que el etiquetado del producto (como el inserto del kit, la etiqueta del producto y la caja del kit) puede ser diferente en comparación con la marca de la empresa. Póngase en contacto con su representante local para obtener más detalles.
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